垩白是衡量稻米外观品质和加工品质的关键指标之一。Chalk5是首个被克隆的、正向调控籼稻垩白率的主效基因。基于其功能性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)开发等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)标记,对于优化Chalk5在籼型优质稻分子标记辅助选择(marper-assisted selection, MAS)育种中的应用具有重要意义。本研究针对Chalk5基因启动子区的2个功能性SNP位点(-721和-485位),利用AS-PCR技术分别开发了共显性分子标记Chalk5_721和Chalk5_485,并对42份籼稻品种进行了基因型鉴定。在此基础上,结合Chalk5基因型、垩白表型及粒型性状开展了关联分析,旨在探讨该基因在籼型优质稻育种中的应用策略。结果表明,所设计的Chalk5功能标记能够通过一次常规PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳,准确、快速地鉴别不同基因型。垩白度与Chalk5基因型呈显著相关性(卡方检验,P=0.04),其中Chalk5_721T和Chalk5_485T等位基因可显著降低籼稻垩白度。此外,在供试的42份籼稻材料中,垩白度与粒型长宽比呈极显著负相关(r=-0.8,P<0.001),表明细长粒型通常具有较低的垩白度。因此,在利用Chalk5功能标记进行优质稻选育时,应综合考量粒型、粒质量等产量相关性状。本研究为籼稻垩白性状的高效分子选择提供了实用工具与理论依据。