在我国各级水稻新品种区域试验和审定流程中，主要依据《水稻品种鉴定技术规程 SSR标记法》判别参试品种在试验周期内的一致性及其与已审定品种的差异性。鉴于SSR（简单重复序列）标记开发初期，水稻基因组学研究尚处于起步阶段，这些标记主要基于有限品种的SSR多态性分析结果来确定，因此对于采用该48个SSR作为品种区分依据的有效性和科学性，实际上缺乏足够的认识。本研究通过引物序列比对分析，精确定位了这48个SSR标记在水稻基因组中的具体位置，旨在探讨这些SSR标记在水稻基因组上的分布特征，并评估其变异可能引发的生物学效应。我们利用SSR标记引物对公共基因组组装数据进行扩增，并分析扩增序列标记，测定了这些标记在籼、粳亚种群体中的多态性。结果表明，这48个标记在水稻的12条染色体上呈不均匀分布。其中，35个标记位于基因内部或上下游2.0 kb内，3个标记位于基因的外显子区，但SSR重复单元的增减并未导致移码突变的发生。在分析的193份亚洲代表性栽培稻品种中，有3个标记在粳稻群体（58个品种）中未表现出多态性，多态性信息含量（PIC）为0，另有8个标记在粳稻群体中的多态性低（PIC<0.25）；同样，在籼稻群体（135个品种）中，也有5个标记多态性低（PIC<0.25）。此外，在扩增区段内，除重复单元外，还观察到了单核苷酸变异以及插入、缺失变异。本研究不仅揭示了这48个SSR标记的基因组学特征，还明确指出，在代表性群体中，少数SSR标记仍缺乏足够的品种鉴别能力，同时，我们还发现了SSR标记内部重复序列外的核苷酸变异，这为优化现有SSR标记开发新的水稻品种鉴定SSR标记，以及科学认识现有SSR标记在品种鉴别中的局限性提供了重要方向和启示。
